Etiqueta de la secuencia del péptido

Una etiqueta de la secuencia del péptido es una información sobre un péptido obtenido por la espectrometría de masas de tándem que puede ser usada para identificar este péptido en una base de datos de la proteína.

Espectrometría de masas

En general, los péptidos se pueden identificar fragmentándolos en un espectrómetro de masas. Por ejemplo, durante péptidos de la disolución inducidos por la colisión chocan con un gas dentro del espectrómetro de masas y se hacen pedazos en sus obligaciones del péptido. Los iones del fragmento que resultan (llamado b-iones y y-iones) tienen diferencias de masas correspondiente a las masas del residuo de los aminoácidos respectivos. Así, un espectro de la masa de tándem contiene la información parcial sobre la secuencia de aminoácidos del péptido. El enfoque de etiqueta de la secuencia del péptido, desarrollado por Matthias Wilm y Matthias Mann en el EMBL, usa esta información para identificar el péptido en una base de datos. Brevemente, un par de masas se extraen del espectro a fin de obtener la etiqueta de la secuencia del péptido. Esta etiqueta de la secuencia del péptido es un identificador único de un péptido específico y puede ser usada para encontrarlo en una base de datos que contiene todas las secuencias del péptido posibles.

Nota del fragmento del péptido

Una nota se ha desarrollado para indicar fragmentos del péptido que provienen de un espectro de la masa de tándem. Los iones del fragmento del péptido son indicados por a, b, o c si el precio se retiene en el N-término y por x, y o z si el precio se mantiene en el C-término. El subíndice indica el número de residuos del aminoácido en el fragmento. Los símbolos principales indican el número de protones o hydrogens añadido al fragmento para formar el ión observado. Por ejemplo, y

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